通常，菠萝蜜每年需要修剪三次，分别是春季，秋季和冬季。

春季修剪可以避免菠萝蜜长得过高，促进侧枝的抽发，提高开花坐果的能力。

秋季修剪，也就是采果后修剪，是在第一年果实采摘工作完成后，把植株上多余的枝条和没有成熟的菠萝蜜全部去除，可以为第二年生长提供充足的养分，有利于第二年枝条的抽发。修剪后要施加适当的有机肥，以恢复树势。

菠萝蜜的冬季修剪主要去除枯枝，弱枝，未成熟的结果枝和个别的大枝。