限制酶（Restriction Enzymes）全称限制性核酸内切酶细菌反击。

细菌容易被噬菌体感染，如已经在每月推荐分子中看到的phix174噬菌体。许多细菌用切割外来DNA的方法进行自我保护，如切割感染性噬菌体的DNA。这些细菌产生一种能切割DNA的核酸内切酶，一旦发现外来DNA便将其切割，因此它们有效地限制了噬菌体对细菌的感染，故这种核酸内切酶被称为限制酶。