缺磷影响叶绿素合成，由于磷是许多重要化合物的组成成分，并广泛参与各种重要代谢活动。所以，缺磷对植物光合作用、呼吸作用及生物合成过程都有影响，进而使植物产生缺素症。
供磷不足时，蛋白质合成受阻，使细胞分裂迟缓，新细胞难以形成。因此，植物生长缓慢，植株矮小，分枝或分蘖减少，叶小易脱落。由于缺磷造成细胞发育不良，使得叶绿素密度相对提高，植株体内碳水化合物相对积累，形成较多的花青甙。所以，缺磷的植株叶色一般呈暗绿或灰绿色，还出现紫红色，严重时，叶片枯死、脱落。缺磷还会延迟作物成熟，谷物或果实细小、不饱满，严重影响产量和品质。缺磷植株根系老化呈锈色，白根少，根毛长度增强，但根的半径减小。
