掌印太监代行的是皇帝审核盖章的权力，即对于内阁上报的“票拟”，由掌印太监最终盖章才能生效，如果掌印太监认为审核不过关，有权打回重批。

秉笔太监代行的是皇帝批复写字的权力，即对于内阁上报的“票拟”，秉笔太监可以在皇帝的授权下写上相应的答复意见。

可以看到，秉笔太监和掌印太监更多的是合作关系，他们共同分担执行皇帝“批红”的权力，单从分工上来看，掌印太监享有最终的决定权，因此权力在秉笔太监之上。