赫德和麦克唐纳群岛有着全世界为数不多的初始海岛生态体系。

作为唯一靠近南极火山活跃的岛屿，它们“在地球深处开了一扇窗户”，用以观察不断发展的地貌过程和冰河动态。对于赫德岛和麦克唐纳群岛有区别的保护价值在于，由于未受到不同种类的动植物，以及人类对它的影响，它拥有地球上比较稀少的处于原始状态的岛屿生态系统。