农业微生物种质资源涉及食用菌、肥料微生物、植保微生物、饲料微生物等多个类别，初步建立了我国农业微生物种质资源保护体系。

作物、畜禽、水产、农业微生物等农业种质资源是新品种选育的基础，是遗传信息由上一代传给下一代的载体，是人类生存不可或缺的重要资源之一。