二者区别是开发方不同。2010年中标软件与国防科学技术大学联合推出“中标麒麟”操作系统产品。该系统是由民用的“中标Linux”操作系统和军用“银河麒麟”操作系统合并而来，最终以“中标麒麟”的新品牌统一出现在市场。所以说银河麒麟是中标麒麟的一部分。