有二十余子。长子扶苏。少子胡亥继位，即秦二世，其对秦始皇其他子女展开清洗。

除长公子扶苏被赐死于军中外，据《史记·秦始皇本纪》，公子将闾兄弟三人，被迫拔剑自杀，另有六名公子被戮死于杜县。而据《史记·李斯传》，有十二名公子在咸阳市中受戮公子高则在胡亥清洗兄弟时自请为秦始皇殉葬，获准另有十名公主，被害于杜县。不过，以上尚非秦始皇的全部子女。