七彩神仙鱼的公母很难分辨，一般要到成熟期才能大致判断。

第一，看头部。一般雌鱼头部圆滑，雄鱼头部凸起。

第二，看身形。雄鱼一般较大，雌鱼较小。

第三，看体色。同一种类之中，雌鱼颜色更加鲜艳。

第五，看上鳍末端，雄鱼的末端是尖的，而雌鱼是圆的，而有的雄鱼上鳍末端也是圆的。

第六，看生殖器。这几乎要发繁殖期才可以看到，雌鱼生殖器粗一些，管状，而雄鱼生殖器窄，并且是尖的，像一粒疮。

第七，在产卵阶段，母鱼产卵，公鱼授精，可以观察到。