校长被处分毕业证不会有影响。

校长被处分与学生无关，只要学生按期完成学业，各科学习成绩合格，符合学生毕业条件就应该给学生颁发毕业证书，如果校长被处分仍然还在履职，就应由校长签发，如果校长停职了，就应该由学校指定其他领导签发。