灰原怕冲矢昴是因为感受到了冲矢昴黑衣组织的气息。

剧情中，冲矢昴的真实身份是赤井秀一，因为曾经潜伏过黑衣组织所以被灰原哀感知到。灰原哀对组织存在恐惧，自然也就会特别害怕冲矢昴，即使是柯南对冲矢昴非常信任的情况下，灰原哀也时刻戒备着。

为什么灰原怕冲矢昴

因为灰原怀疑冲矢昂是黑衣组织的人。

灰原是个警惕性极强的人，她对于组织是很畏惧的，尤其是琴酒和贝尔摩德，所以这次冲矢昴的出现，让她怀疑他是组织派来的。