因为名侦探柯南中本堂瑛佑的主要作用是引出水无怜奈的真实身份，因而当水无怜奈的秘密被揭露，本堂瑛佑就没有登场的必要了。

本堂瑛佑登场于红与黑篇，彼时水无怜奈被FBI在医院中监视。而本堂瑛佑发现了水无怜奈的行踪，并且找到了水无怜奈。

最后证实水无怜奈确实是他的姐姐，但是她的真实身份是卧底黑衣组织的CIA特工。在水无怜奈身份揭晓以后，本堂瑛佑在红与黑篇末尾表示要努力争取成为CIA特工，至此本堂瑛佑就没有再登场了。