动物防疫条件合格证这样办理：

1、当事人要带证明材料，到县级以上地方人民政府兽医主管部门提出申请

2、受理申请的兽医主管部门按行政许可法进行审查

3、经审查合格的，发给动物防疫条件合格证。不合格的，应当通知申请人并说明理由

4、要办工商登记的，申请人凭动物防疫条件合格证，向工商行政管理部门申请登记注册。