印度洋的生物资源主要有各种鱼类、软体动物和海兽。印度洋中年捕鱼量约有500万吨，比太平洋、大西洋少得多。印度洋中以印度半岛沿海捕鱼量最大，主要捕捞鱼类有：鲭鱼、沙丁鱼和比目鱼，非洲南岸还有金枪鱼、飞鱼及海龟等。

在近南极大陆的海域里，还有鲤鲸、青鲸和丰瓦洛鲸。此外，在波斯湾的巴林群岛、阿拉伯海、斯里兰卡和澳大利亚沿海还盛产珍珠。