1、前者独立经济核算，直接面向市场，后者只行使单一职能。

2、子公司是与母公司相对独立的经济体，有完整的组织架构、业务流程、管理体系，对外独立营销，独立经济核算。部门是公司内部组织架构组成部分，按其构成只行使单一职能，如采购部门，技术部门。对于规模较大的集团公司，设立事业部，但对于集团公司而言，仍只行使单一职能，如某一范围类产品制造。

3、部门也能独立经济考核，但与独立的子公司而言，并未完全市场化。