裴仁基的父亲是裴定，裴定官至上仪同，冯翊郡守，袭封琅琊郡公，裴仁基是裴定长子。

裴仁基，字德本，河东郡人，北周骠骑大将军裴伯凤之孙，上仪同裴定之子，隋朝末年将领。开皇初年，担任隋文帝的侍卫，后来从军参加灭陈朝和攻打吐谷浑、靺鞨的战争。因所立战功，授任光禄大夫。大业十三年，奉命镇压占领洛口的瓦岗军时，受到监察御史萧怀静牵制，被迫投降李密。