控制系统是卫星在天上保持正确轨道、正确姿态的总指挥。它能实时搜集卫星的轨道和姿态信息，一旦发现异常，就指挥卫星回到正常状态，北斗3号的控制系统能通过综合电子分系统和卫星敏感器执行机构交换信息并控制执行机构动作，完成卫星从星箭分离、在轨运行直至寿命末期，各阶段的姿态控制和轨道控制。

同时该系统还赋予了卫星一定的完全自主运行能力，即使地面测控站出现故障，他们也能在轨正常工作至少60天，这大大减少了卫星对地面站的依赖，实现了“可视”范围外的卫星控制，也降低了系统运行的管理成本。