二者实质不同，内部收益率的实质：就是资金流入现值总额与资金流出现值总额相等、净现值等于零时的折现率。贴现率的实质：指将未来支付改变为现值所使用的利率，或指持票人以没有到期的票据向银行要求兑现，银行将利息先行扣除所使用的利率。

二、特性不同：

内部收益率被普遍认为是项目投资的盈利率，反映了投资的使用效率，概念清晰明确。贴现率的特性是各成员银行将已贴现过的票据作担保，作为向中央银行借款时所支付的利息。