限高区一般指这个特定区域对车辆行驶，有一个限制通行高度。而禁飞区是指划定一个空中区域及时间点，对所有的飞机，气球，飞艇及其它一些飞行物禁飞。因此，限高区与禁飞区最大的区别是一个指地面约束行车，一个指空中飞行器禁飞的区别。