1、概念不同，防水刚性层是以依靠结构构件自身的密实性或采用刚性材料作防水层以达到建筑物的防水目的。防水保护层通过柔性防水材料来阻断水的通路，以达到建筑防水的目的或增加抗渗漏的能力。

2、成分不同，用于防水刚性层的防水浆料，常见的有细石混凝土、防水砂浆及水泥基渗透结晶型防水浆料等，防水刚性层没有伸缩性、但耐老化性能好。而用于防水保护层的防水浆料，一般是聚氨酯防水浆料、聚合物水泥基防水浆料、丙烯酸防水浆料等，防水保护层拉伸强度高、延伸率大、质量轻、施工方便。