《密查》大结局是：蒋宝珍继续以军统身份为党工作，在解放战争中与杨辉联手获取了重要军事情报，而师应山也受到武仲明的熏染，成为了一名中共特工，西安解放前夕，策反西安军警大投诚。沈兰同志伤愈后继续从事监听工作。