搜查证由县级以上公安机关签发。根据《刑事诉讼法》规定，搜查证是由县级以上公安机关签发，也就是说县级以下的公安机关如派出所，治安所等公安机关是无搜查证签发权的。另外，按刑诉法规定签出搜查证时，须经县级以上公安局长签出行政许可审批手续后，才可签发出搜查证