结局如下所示：

被召唤的孩子们打败了变种病毒，但是大人为了数码世界和现实世界的平衡 重新建立了“墙壁”，把所有数码宝贝强制送了回去，孩子们虽然伤心但还是原谅了他们。本来以为已经不存在通往数码世界的通道了，但启人意外发现他们原来过去的通道还存在。

数码宝贝3驯兽师之王是由富士电视台，东映动画，读卖广告社共同制作的电视动画作品，于2001年4月1日播放，全51话。