吕蒙正祖父吕梦奇，山东莱州城北军寨址村人，曾任户部侍郎。

其父吕龟图，曾任后周起居郎母刘氏，也出自莱州名门望族，生性刚烈。 子吕从简，国子博士吕惟简，太子中舍吕承简，司门员外郎吕行简，比部员外郎吕务简，也是国子博士吕居简，殿中丞吕知简，太子右赞善大夫。吕蒙正弟吕蒙休，咸平进士，至殿中丞。

叔叔吕龟祥，殿中丞、知寿州。子吕蒙亨，后历任下蔡、武平主簿。到道初年，州县官考核，吕蒙亨作答，文学、政事俱优，命为光禄寺丞，改大理寺丞，卒。次子吕蒙巽，虞部员外郎吕蒙周，淳化进士及第。吕蒙亨子即吕夷简。次子吕宗简，也为进士及第。

吕蒙正的后辈多有名人，如侄子吕夷简，侄孙吕公著，官至宰相，八世孙吕祖谦、吕祖俭都是南宋著名大儒。