一、花的区别

大果刺茄为聚伞花序生在腋外，通常情况下，3-5花，萼为钟形，外面有小的刺，花冠为辐状，颜色为蓝紫色，裂瓣为卵状三角形，子房为卵形圆形，花柱较纤细。

小果刺天茄为蝎尾状花序，花的颜色也为蓝紫色，少数为白色，萼为杯状，裂片为卵形，子房为长圆形，有棱。

二、果实区别

大果刺茄为球形，初期时果实为绿色并有深绿色的条纹，成熟后将变成淡黄色。

而小果刺天茄成熟时为橙红色。