最后没有出现，已经死了。

徐芯等了他六年，渐渐明白，他当时就死了，不会再回来了。你所说的问题，是剧本的问题，这个结尾是最令人争议的地方，事实上佟本善中了一刀，照常理根本不可能走那么远。所以不能照常理来理解，只能说是编剧为了制造佟本善失踪六年的假象，故布疑阵。

如按剧情来说，本善不想让徐芯知道他要死了，于是他走到一条小船上，他的朋友只是找不到他而已。