大兴机场11号门在三层。大兴机场三层出发层分布了中联航、国航国内航班值机区，南航、东航、厦航专享值机区，同时为“国内快捷出发”层。其中，R岛为中联航国内航班值机区（靠近11号门），M岛为国航国内航班值机区（靠近8号门）。

三层最西侧为南航、厦航专享值机区（靠近7号门），最东侧为东航专享值机区（靠近12号门）。已完成值机且无托运行李的国内航班旅客，可直接由三层“国内快捷出发”通道通过安全检查，前往候机区域。