有义突变是对所编码的氨基酸有改变的突变。

有义突变可以分为两种情况：

一种是突变的氨基酸残基确实会影响蛋白质的免疫原性，即诱导特异性免疫反应

另一种情况是所发生突变的氨基酸并非位于主要表位区，对疫苗诱导产生免疫保护作用的影响不大。