湖底有线状洼地，水位季节差异明显。

原因是鄱阳湖每年洪水期、枯水期水位变化很大，10月～翌年3月水落滩出，鱼、虾、螺、蚌及各种水草丰富，是候鸟越冬栖息的乐园。约有鸟类148种，其中水禽69种，属国家保护的鸟类有20种，主要有白鹤、白头鹤、黑鹳、大鸨、鹈鹕、白琵鹭等濒危物种。