神盾局准备试飞三艘飞天航母，以防备第二次的外星人。尼克弗瑞在下班途中遭到刺杀，虽然侥幸逃脱。但他知道神盾局中已经有间谍渗透，他不敢相信任何人，只能求助于美国队长。美国队长在揭秘真相的过程中发现，九头蛇居然还存在早已渗透入神盾局。他们想利用飞天航母控制全人类。

美国队长在猎鹰黑寡妇的帮助下，破坏了九头蛇的阴谋，将一切公之于众。神盾局九头蛇全部出现在世人面前，神盾局人从多特工加入了不同的部门。