区别如下：

1、定点医院不同。

2、报销比例不同，各地情况不一样，一般是区医保报销比例高于市医保。

3、区医保只能是区直单位的职工和档案在区人才代理中心保管且办有区养老统筹的办理，市医保只能是市直单位的职工和档案在市人才代理中心保管且办有市养老统筹的办理。