蓝靛的化学分子式为C16H10N2O2，分子量为262。是由碳、氢、氮、氧四种元素组成的有机化合物，是蓝色粉末。

蓝靛对水的溶解度较其他食用合成色素低，0.05%水溶液呈蓝色。溶于甘油，丙二醇，微溶于乙醇，不溶于油脂。遇浓硫酸呈深蓝色，稀释后呈蓝色，它的水溶液加氢氧化钠呈绿至黄绿色。耐光性耐热性差，对柠檬酸、酒石酸和碱不稳定。青出于蓝而胜于蓝，“青”指的是靛蓝。其耐光性、耐热性差，对柠橡酸、酒石酸和碱不稳定，是人类使用历史悠久的染料之一。