秸秆不发酵会存在两个方面的问题，一个方面的问题是收获的农作物秸秆如果不进行发酵处理，堆放在野外，经过风吹日晒，农作物秸秆的水分和养分就会大量的流失，最后，仅剩下干物质。

另一个方面的问题是如果秸秆不发酵堆放的时间久了，如果通风不流畅，就容易出现发霉变质的现象，就失去了使用价值。