因为学校校徽由中英文全称和中间三色帆船构成，象征扬帆起航。

北京市三帆中学于1997年5月19日由市教委批准成立。它是一所在西城区教育局直接领导下，在北京师大二附中和北京四十六中积极支持、参与和帮助下创办起来的“民办公助”的初级中学。