主要是针对的内容不一样。应急预案主要针对的是遇到突发情况如自然灾害、事故等，需要采取的措施，保障方案主要是保障物资、资金、人力等方面的预案，如原材料保障方案就是在原材料正常供应、突然中断等情况下的应对方案。

应急预案的一部分包含保障方案，保障方案也有保障内容的应急预案。