1965年2月，根据先前高教部的指示，学校决定将机密、尖端及与国防有关的专业和研究室全部迁往内地，有放射化工、稀有元素、放射化工机械3个专业和菁染料、塑料2个研究室。

同时还决定将石油化工、物化工程两个研究小组也迁去而无机物、硅酸盐、基本有机合成、塑料、燃料化学、化工机械6个专业则要一分为二，即在内地也要兴办。至此，学校拟迁建的专业和研究室等涉及13个部门，初步设想，以此在内地建立学校的一个分部——华东化工学院西南分院（现四川轻化工大学）。