首先要区分基因重组和基因突变的含义：基因重组是指非等位基因间的重新组合。能产生大量的变异类型，但只产生新的基因型，不产生新的基因。

基因突变是指基因的分子结构的改变，即基因中的脱氧核苷酸的排列顺序发生了改变，从而导致遗传信息的改变。基因突变的频率很低，但能产生新的基因，对生物的进化有重要意义。

基因工程中用到的目的基因是自然界已有的，从而培育出的转基因生物只是产生新的基因型，不产生新的基因，所以说基因工程的原理是基因重组而不是基因突变。