农民工工资保证金应属于押金性质，缴纳的时候不应计入成本，而应计入其他应收款。

如果发生拖欠农民工工资而动用农民工保证金的话，产生的支出建设单位应计入成本中的"建筑安装费"，施工企业应计入成本中的"人工费"如果没有发生拖欠，可在竣工后办理退回保证金，那时冲回其他应收款就可以了。

用人单位开设农民工工资保证金专用账户和按约定存款后，乙方为甲方出具开户证明及存款证，并详细记录甲方保证金专用账户的入账款项、金额和支出情况。