梅花鹿近亲交配会增加胚胎死亡和生产畸形鹿的机会。也易造成仔鹿生活力低下以致其生产力降低。降低物种在环境中的适应能力，增加后代先天缺陷的概率，二级近亲的风险增加8倍，一级近亲的风险增加31倍，同胞通婚的风险是正常婚配的125倍，近亲繁殖会导致后代的体格变小，体质变弱或变娇，生产能力和繁殖能力下降，近亲繁殖的代数越多、时间越久，引发的后果越明显。