DNA溯源技术的产生源于DNA的遗传与变异。基因组DNA承担着物种延续的使命，其存在是相对稳定的l然而，同时为了更好地适应环境的变化，它又必然要发生一定的改变。

因此每个个体所拥有的DNA序列是独一无二的，通过分子生物学方法所显示出来的DNA图谱也就独一无二，于是可以把DNA作为像指纹那样的独特特征来识别不同的个体。

DNA指纹除了具有指纹所能行使的功能以外，还同样具有DNA的遗传性，因此通过对DNA指纹的鉴定就可以判断两个个体之间的亲缘关系，而不仅仅是分辨个体差异。