1、起源不同。

1）全真派。全真道是在元朝的时候，由王重阳祖师在陕西终南山创立的新的道派，由于丘处机道长与成吉思汗的良好关系，元朝时得以迅速发展。

2）正一派。正一教的前身是产生于汉末的天师道。东汉末年，群雄并起，张道陵在川陕地区创建了五斗米道，其子张鲁在曹操远征巴蜀时受官职封赏，随其到了内地。五斗米道始在内地传播。之后又更名为天师道、正一教。

2、戒律不同。

1）全真派。全真道具有传戒和丛林的制度，要求全真道士出家，住在道观里面修行，不娶妻，不吃荤，不饮酒，它结合了儒释道三家的精髓，以“三教圆通”，“识心见性”，“独全其真”为宗旨，所以叫做全真。

2）正一派。道士们可以居家修行，不要求必须出家，可以娶妻生子，成家立业，吃荤（除了戒律中的四不吃，即为牛、狗、大雁和乌鱼不吃），饮酒。

3、修炼方法不同。

1）全真派。全真派的修炼主旨是清静无为，去情去欲，修行练性，养气炼丹，含耻忍辱为内修，以传道度人为外修，功行两全，证圣成真，谓之全真。

2）正一派。正一道士主要以符咒斋醮，祈福禳灾，驱邪押鬼，超度亡灵为主要的宗教活动。