井冈山站站房采用现代的设计手法反映出井冈山独特的历史，依托独特的地理背景，融合具有激情的革命历史，站房造型为中心对称式的立面构成。以根植于中国传统概念的抽象形式来体现设计意向，其外形简洁，但巨大的金属挑檐——一种对传统建筑屋顶的隐喻，将古典与现代艺术融合为一体，创造出丰富的意境。

井冈山站站房主体分为三个部分，主体中部为主候车区，主体西侧为售票厅、贵宾区以及公安办公处，主体东侧为出站大厅、行包房以及车站办公和设备工区。