阮氏鱲和长鳍鱲二者的区别如下：

1、科属区别：阮氏鱲和长鳍鱲都是鲤形目和鲤科，但二者的属却是不同的。前者是鱲属的，后者则是马口鱲属的。

2、嘴巴区别：阮氏鱲和长鳍鱲的嘴巴有差异。阮氏鱲的嘴巴是向上倾斜的，而长鳍鱲的嘴巴则是向下倾斜的，仔细观察的话区别还是比较明显的，是二者重要的外观区别特征之一。

3、颜色区别：阮氏鱲和长鳍鱲整体来看颜色都比较鲜艳，但二者具体的颜色有差异。阮氏鱲的颜色以蓝色为主，长鳍鱲的颜色则以粉色和蓝色为主。