《公务员职务任免与职务升降规定（试行）》第十九条规定：晋升县处级以上领导职务的公务员，应当具备《党政领导干部选拔任用工作条例》和有关法律、法规、章程规定的资格晋升乡科级正职领导职务的，应当担任副乡科级职务两年以上晋升乡科级副职领导职务的，应当担任科员级职务三年以上。《公务员法》第三十二条规定：新录用的公务员试用期为一年。试用期满合格的，予以任职不合格的，取消录用。

因此，晋升乡科级副职领导职务，应当担任科员级职务三年以上，科员的任职时间不包含公务员试用期。