1、成因不同

菊花石的“花”蕴育于几百万年以前，因地质运动而自然形成于岩石中

而珊瑚玉是经历数亿年的地壳运动、地热煎熬、高温高压才能形成的化石玉，它的花纹，会因为珊瑚的大小、种类的不同而产生不同的天然花纹图案，或呈放射状，或呈卷纹状。

2、花型不同

珊瑚玉：由于珊瑚是多种多样的，一般珊瑚玉有菊花型，凤尾纹，卷纹，管状纹等等，最常见的是菊花型。

菊花石：菊花石的花型酷似异彩纷层的秋菊，花呈乳白色，且纹理清晰，界线分明，神态逼真，玉洁晶莹。