迷你特工队赶走了杰苏之后，通过恐龙星球的科技得到了全新的超级恐龙力量。但是新的敌人又来到了地球上，他就是怪诞博士，他认为自己才是这个星球上唯一的超级英雄，通过赋予万物邪恶的力量来对城市进行破坏。

于是迷你特工队又有了新的任务，阻止力量队长，保护城市！新的恐龙伙伴，新的伙伴，新的武器装备，新的机甲！迷你特工队，重新出发！