蓝青玄进诏狱是因为蓝青玄被严世蕃诬陷入刑部诏狱。严世蕃得知蓝青玄借助神谕之名扳倒严家，他买通皇上身边的一个太监，诬陷蓝青玄在扶乩之时偷看圣谕，皇上大怒，命人将蓝青玄押进刑部受审。严世蕃这一招可谓阴险，他不仅诬陷蓝青玄，还故意让刑部的人对蓝青玄进行严刑拷打。