1、本质特性不同
植物新品种保护的本质特征是对申请人知识产权即财产权的保护品种审定的本质特征是对申请人生产秩序化限制的管理。
2、范围不同
品种审定的新品种可以是新育成的品种，也可以是新引进的品种植物新品种保护的新品种，既可以是新育成的品种，也可以是对发现的野生植物加以开发所形成的品种。
3、特异性要求不同
品种审定突出品种的产量、品质、成熟期、抗病虫性、抗逆性等可利用特性植物新品种保护主要从品种的外观形态上进行审查，如植株高矮、种皮或花的颜色、叶片宽窄、株型等一个或几个方面，明显区别于递交申请以前的已知品种。品种审定区试时所选的对照品种仅是当地主要推广品种植物新品种保护所选的对照品种(近似品种)则是世界范围内已知的品种，并在审查测试时需将申请品种、标准品种、近似品种种植在一起进行比较。
4、新颖性要求不同
品种审定不管在审定前是否销售过，而植物新品种保护则要求在申请前销售未超过规定时间。
5、审查机构和层级不同
品种保护的受理、审查和授权集中在国家一级进行，由植物新品种保护审批机关负责品种审定实行国家与省两级审定，由品种审定委员会负责。
6、推广使用有差别
审定品种可以推广应用而授权品种不一定能全部通过品种审定。
