孔雀鱼的品种由公鱼和母鱼共同决定的。孔雀鱼具有两种染色体，一种是常染色体（体染色体）一种是性染色体。常染色体遗传的是孔雀鱼的体型、形态（普通体、缎带、燕尾、RRE、骨骼、体型）这些身体上最基本的构成。

而性染色体并不只是决定孔雀鱼的性别，很大程度上还决定孔雀鱼的体表的外部特征。由于孔雀鱼的色彩一般都是公鱼比较丰富多彩，所以，自然地性染色体的遗传来自于公孔雀鱼的比较多