1、过滤能力：首先，孔雀鱼底滤鱼缸和上滤鱼缸的过滤能力是不同的。底滤鱼缸的效果更好，因为它可以装更多的滤材，还可以容纳许多其它的辅助设备。上滤鱼缸则相对来说过滤效果差一些。

2、噪音：二者在运行时产生的噪音大小也是不同的。底滤鱼缸的噪音比较大，上滤鱼缸则相对来说噪音小一些。

3、安全性：二者的安全性也有差异。底滤鱼缸在使用的时候，溢水的风线会比上滤鱼缸大一些，因而安全性不如上滤鱼缸好。

4、耗电程度：它们的耗电程度也有差异，底滤鱼缸的耗电量比上滤鱼缸大一些。